พระเทพคุณาธารสมัยก่อนบรรพชา ได้ช่วยบิดามารดาค้าขายทางเรือ ครั้งถึง พ.ศ. 2462 อายุได้ 18 ปี จึงบรรพชาเป็นสามเณรในงานฌาปนกิจศพน้าสาวที่วัดราษฎรบำรุง พระอาจารย์อ้วน วัดสามทอง เวลานี้เปลี่ยนชื่อเป็นวัดตรีสุวรรณ์ จังหวัดสุพรรณบุรี เป็นพระอุปัชฌาย์

เมื่อบรรพชานั้นท่านยังไม่รู้หนังสือเลย ครั้นบวชเป็นสามเณรแล้ว ได้เห็นการเรียนหนังสือของพระภิกษุสามเณรและเด็กที่วัดราษฏรบำรุง มีความปรารถนาอยากจะเรียนบ้าง แต่อายุมากแล้ว เข้าเรียนไม่สะดวก ในสมัยนั้นพระใบฎีกาอินทร์ เป็นเจ้าอาวาส จึงแนะนำให้เรียนหนังสือขอม ท่านได้ขออนุญาตโยมบวชต่อ โยมก็อนุญาต แต่โบราณถือว่าการบวชหน้าไฟร้อน จึงให้ลาสิกขา และบรรพชาใหม่ติดต่อกันไป โดยพระใบฎีกาอินทร์ เจ้าอาวาสวัดราษฎรบำรุง เป็นพระอุปัชฌาย์

เมื่อบรรพชาใหม่แล้วท่านได้เริ่มเรียนหนังสือขอม และหาโอกาสไปฟังการเรียนหนังสือไทยบ้าง พออ่านหนังสือขอมได้และหัดเขียดหนังสือไทยได้บ้างแล้ว จึงเริ่มเรียนสนธิ์ โดยมีพระอาจารย์ทองเป็นผู้สอน การเรียนคราวนี้มีนักเรียนเพียงคนเดียว ทำให้รู้สึกเนือยๆ แต่ท่านก็เรียนจบในพรรษาแรกนั้นเอง เมื่อมี่ความรู้ขึ้นบ้างแล้วเช่นนี้ท่านก็มีความปรารถนาจะเรียนให้มากยิ่งขึ้น ประจวบกับเวลานั้นพระมหาพุ่ม วัดพระเชตุพนฯ ไปวัดราษฎรบำรุงกับพระมหาสุนทร ท่านจึงขอให้โยมยายช่วยฝากกับพระมหาพุ่ม เพื่อนำท่านมาอยู่กรุงเทพฯ แต่พระมหาพุ่มไม่สามารถรับได้เพราะไม่ได้เป็นเจ้าอาวาสหรือเจ้าคณะ โยมยายจึงให้น้าชายชื่อล้งนำท่านมาฝากไว้กับพระอธิการปอ ธมฺมกถิโก เจ้าอาวาสวัดพระพิเรนทร์ พระนครเมื่อเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2463 รวมเวลาอยู่ที่วัดราษฎรบำรุง 1 พรรษา

เมื่อมาอยู่วัดพระพิเรนทร์แล้ว ท่านได้เข้าศึกษาพระปริยัติธรรม ที่วัดจักรวรรดิราชาวาส และสอบได้นักธรรมชั้นตรีในปลายปีนั้นเอง ตัวท่านเคยเล่าว่า เวลานั้นเกิดความทะเยอทะยานในการศึกษาเล่าเรียนมาก อยากเรียนไปทุกอย่าง และรู้สึกเสียดายเวลาที่ผ่านพ้นไปมากแล้ว จึงได้เข้าเรียนภาษาบาลีที่วัดจักรวรรดิราชาวาสนั้นต่ออีก

ปีต่อมาท่านอายุครบ 20 ปี จึงได้กลับไปอุปสมบทที่วัดเกาะ ตำบลบางงาม อำเภอศรีประจันต์ จังหวัดสุพรรณบุรี ณ วันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2465 มีพระครูปลื้ม วัดพร้าว ตำบลโพธิ์พระยา อำเภอท่าพี่เลี้ยง ปัจจุบันเปลี่ยนเป็นอำเภอเมืองจังหวัดสุพรรณบุรี เป็นอุปัชฌาย์ พระครูธรรมสารรักษา วัดวรจันทร์ ตำบลโพธิ์พระยา เป็นกรรมวาจาจารย์ พระอธิการปอ ธมฺมกถิโก วัดพระพิเรนทร์ เป็นอนุสาวนาจารย์ เมื่ออุปสมบทแล้วได้กลับมาจำพรรษาอยู่ที่วัดพระพิเรนทร์ และเรียนพระปริยัติธรรมทั้งนักธรรมและบาลีต่อ กับต้องช่วยพระอธิการปอ เจ้าอาวาส ในกิจการงานต่าง ๆ ของวัดเรื่อยมา

ครั้ง พ.ศ. 2471 พระอธการปอเริ่มป่วย ท่านต้องคอยอยู่ปฏิบัติตลอดเวลา จนพระอธิการปอถึงแก่มรณภาพลงใน พ.ศ. 2472 จากนั้นท่านได้รับแต่งตั้งเป็นกรรมการรักษาวัด เมื่อจัดการปลงศพพระอธิการปอเสร็จใน พ.ศ. 2474 แล้ว แม้จะต้องรับหน้าที่สำคัญในวัด มีภารกิจมาก แต่ท่านก็ยังไม่ละความพยายามในการศึกษาเล่าเรียน และได้ขวนขวายในการเรียนต่อมาอีก 2 ปี จึงต้องหยุดพัก เพราะมีภารกิจการงานมากขึ้น และได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดพระพิเรนทร์ เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม พ.ศ. 2476